千年一次的彗星之夜里，愿望將會實現……　　立志成為出色的神奇寶貝訓練師的小智、小遙和小勝，帶著皮卡丘展開了新的旅程。為了觀看千年彗星出現的剎那，來到恩斯游樂場，并認識魔術師巴特勒與戴安。在魔術表演中，小勝聽到一陣細微的呼喚聲…
　　那是在〝沉眠之繭〞中沉睡了千年，可幫助人類達成愿望的神奇寶貝——基拉祈。在千年彗星出現的夜晚，如果遇到擁有純真心靈的伙伴便會蘇醒。為了讓基拉祈醒來，巴特勒請小勝當基拉祈的伙伴，果然，基拉祈從萬花鏡般的光芒中蘇醒過來。
　　雖然基拉祈只能停留短暫的七日就會再消失，但是頭一次擁有屬于自己的神奇寶貝的小勝，對基拉祈卻非常寵愛。充滿野心的魔術師巴特勒，因為知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈給搶走，并且想利用他來完成愿望。
　　不懷好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智與小勝要如何克服困難，成功救出同伴呢？小勝與基拉祈又會面臨怎樣的生離死別呢？