「我」曾一時攀上超熱門在線游戲「艾克斯之門ＯＮＬＩＮＥ」的巔峰?！　≡谕瓿赡炒沃卮蠊适潞蟮母籼欤氲侨胗螒驎r，突然收到「賦予你全新使命」的提示訊息。　　當我按下「ＹＥＳ」的瞬間，世界被反轉了──　　醒來后，映入「我」眼簾的是──！最新電影

小美和父親史諾頓博士在綠色原野過著相依為命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一塊神秘的木刻板，并因此惹禍上身下落不明，留下小美一人過著孤單的生活。小美于無意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成為了強大的“未知圖騰”，為了撫慰小美孤單的心靈，未知圖騰制造了美滿的幻境令小美深陷其中，隨著時間的推移，小美曾經的家被結晶包圍，成為了一座結晶塔，而小美的心也漸漸變為冰冷的結晶。　　為了滿足小美“想要媽媽”的愿望，未知圖騰綁架了小智的媽媽困于結晶塔之中，迫使小智不得不踏上拯救媽媽的旅途，然而，小美的心智早已經被污染殆盡，在她的眼中，小智就是一心想要破壞她幸福生活的最險惡的敵人。

照常進行修業之旅的小智（松本梨香 配音）、小剛（上田祐司 配音）、小霞（飯塚雅弓 配音）一行輾轉來到水之都奧多馬雷參加緊張刺激的水上競賽。奧多馬雷流傳著一個精彩的傳說，在很久很久以前，島上的老夫婦撿到一對孤兒兄妹，當邪魔出現時，兩兄妹化作威力強大的神奇寶貝拉帝歐斯和拉帝亞斯，他們擊敗邪魔，并賜予奧多馬雷人民名為“心靈水滴”的寶石作為守護。時至今日，神圣的心靈之滴卻引起一對盜賊姐妹（釋由美子 配音）的垂涎。她們在追蹤妹妹拉帝亞斯（折笠富美子 配音）時遭遇小智并受挫，貪欲將帶給水都史無前例的災難……　　本片為神奇寶貝系列第五部電影劇場版。