戰(zhàn)國時代──以恐怖來統(tǒng)治天下最兇最惡的武將“牙鬼幻月80s。由“伊賀崎家”率領的一群忍者，經過激烈的戰(zhàn)斗，打倒了“牙鬼幻月”。但“牙鬼幻月”卻留下了不詳的預言…“444年后，我將變成妖怪復活再次以恐怖支配天下！”時光流逝——終結忍者“伊賀崎好天”跟復活的妖怪“牙鬼幻月”決斗，并成功將它封印。時光再次流逝到了現代──“牙鬼幻月”的封印被解除，“牙鬼幻月”的怨念生出了一批妖怪，這些妖怪們組成“牙鬼軍團”，為了讓“牙鬼幻月”完全復活，妖怪們到處搜集人們的恐懼心，開始向人們展開襲擊！緊急時刻，出現了5個年輕人。他們正是伊賀崎家的末裔，也就是終結忍者?伊賀崎好天的孫子們！“當忍則忍，可不忍則不忍！”三代同堂，用火熱的“忍者心”（Nintality）以及各種異想天開的忍術來漂亮的擊退妖怪！為了繼承祖父的“終結忍者”這個封號，也為了阻止妖怪軍團讓“牙鬼幻...

戰(zhàn)國時代──以恐怖來統(tǒng)治天下最兇最惡的武將“牙鬼幻月789電影。由“伊賀崎家”率領的一群忍者，經過激烈的戰(zhàn)斗，打倒了“牙鬼幻月”。 但“牙鬼幻月”卻留下了不詳的預言… “444年后，我將變成妖怪復活再次以恐怖支配天下！”時光流逝—— 終結忍者“伊賀崎好天”跟復活的妖怪“牙鬼幻月”決斗，并成功將它封印。時光再次流逝到了現代──“牙鬼幻月”的封印被解除， “牙鬼幻月”的怨念生出了一批妖怪，這些妖怪們組成“牙鬼軍團”， 為了讓“牙鬼幻月”完全復活，妖怪們到處搜集人們的恐懼心，開始向人們展開襲擊！緊急時刻，出現了5個年輕人。 他們正是伊賀崎家的末裔，也就是終結忍者?伊賀崎好天的孫子們！“當忍則忍，可不忍則不忍！” 三代同堂，用火熱的“忍者心”（Nintality）以及各種異想天開的忍術來漂亮的擊退妖怪！為了繼承祖父的“終結忍者”這個封號，也為了阻止妖怪軍團讓“牙鬼幻月”復活， 他們不僅不忍，還要大肆反擊！

牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まっ策馳影院。そこへ突如現れた牙鬼の殘黨を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズとして平和を守っていたのだった!　　戦いを終え久々の再會を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母?桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズをプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流の名前をかけて“ニンニンガールズと真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズとして受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー?九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に與える暴走っぷり。そして數合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。　　時を同じくして、執(zhí)念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。　　果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出來るのか!